Жертва не понадобилась: в Париж прибыли Василий Васильевич и Елизавета Федоровна Крюковские. 7 октября был устроен побег Жаклара из тюрьмы. Снабдив зятя паспортом Владимира Онуфриевича, Крюковские отправили беглеца в Цюрих, где он встретился с Анной Васильевной. Ковалевский проводил Крюковских и Софью Васильевну до Гейдельберга и тут же, к удивлению родителей и горькому недоумению жены, удалился в Мюнхен.

Софья Васильевна не понимала, что происходит с Владимиром Онуфриевичем, затаила горе и с молчаливым упорством продолжала работать, как бы защищая свое право на занятия математикой, а Ковалевский продолжал поиски «главной темы» в его науке.

На первых порах он мечтал об экспедициях и сборе материалов. Но, познакомившись с коллекциями разных музеев, написал брату, что «материалу везде набрано страшная масса, потому что на это способен каждый дурак, но нет, решительно нет людей, которые бы сделали над ним хорошие работы». Ковалевский много читал, изучал кристаллографию и минералогию, различные отрасли геологии, палеонтологии и зоологии, искал среди множества научных вопросов те ведущие, решение которых помогало бы осветить эволюцию живого мира. Попутно его внимание привлекло несовершенство стратиграфической геологии, изучающей слои земной коры в исторической последовательности. Эта отрасль геологии, на его взгляд, была в то время «так бесплодна и мало изучена», что Владимиру Онуфриевичу хотелось «заняться сравнительным изучением описанных формаций всех частей света, чтобы поработать над синхроничностью формаций на разных материках».

Он пришел к выводу, что установленные наукой периоды «повторялись сходно по всей земле», а «вопрос об одновременности геологических фаун на всей земле совсем почти не тронут». Чем больше он изучал разделы науки, тем ближе подходил к палеонтологии млекопитающих. «Я хорошенько не могу еще определить того тесного направления, в котором буду работать, — сообщил он Александру Онуфриевичу в марте 1871 года, — быть палеонтологом исключительно по позвоночным мне иногда и хочется, но когда подумаешь, какая ужасная сушь и скука все мелочи по остеологии, то поневоле немного страшно становится. Чисто стратиграфическим геологом я не буду, это школа, подлая, и ее надо не только не размножать, а стараться уменьшить. Остается еще одно направление — зоологическо-географическое, и оно меня очень привлекает по тому множеству работ, которые можно сделать в этом направлении».

Время, когда он выказал наибольшее «пренебрежение» к Софье Васильевне, было порой самого интенсивного труда Владимира Онуфриевича. В беспокойной парижской жизни после разгрома Коммуны ему пришла идея заняться преимущественно ископаемыми позвоночными. «Только тут мы можем сделать что-нибудь разумное… все это даст и даже отчасти дает нам разумная палеонтология с дарвинизмом; до сих пор она положительно не существовала, и мне кажется, это поле — очень благодарное для будущего пятидесятилетия», — писал Ковалевский брату, сумев не только выбрать наиболее важный раздел исследования, но и ясно представить значение его для всего направления науки.

Охваченный нетерпеливым желанием поскорее начать работу, Ковалевский уехал в Иену и засел за докторскую диссертацию. Он чувствовал, что это исследование могло стать «одною из главных опор дарвинизма».

И действительно, оно принесло молодому русскому ученому громкую славу преобразователя палеонтологической науки.

В марте 1872 года Владимир Онуфриевич получил в Иене докторский диплом. Крупнейшие ученые Европы признали диссертацию важнейшей палеонтологической работой последних двадцати пяти лет, после которой все дальнейшие исследования должны измениться в соответствии с выводами русского палеонтолога.

Знаменитый австрийский геолог Зюсс пригласил Ковалевского читать лекции в Вене. Но Владимир Онуфриевич торопился осуществить множество исследовательских планов, а затем вернуться в Россию и, выдержав магистерский экзамен, работать на родине.

Перед поездкой во Францию и Англию, нужной для его исследований, он навестил Софью Васильевну, не сказав ей ничего о своих намерениях.

Еще до этого Владимир Онуфриевич на вопрос брата об отношениях с женой ответил: «Я Софу чрезвычайно люблю, хотя не могу сказать, чтобы я был, что называется, влюблен; еще вначале это как будто развивалось, но теперь уступило место самой спокойной привязанности. Во время нашей жизни я, конечно, если бы очень хотел этого, мог бы быть ее мужем, но решительно всегда боялся этого по многим причинам; во-первых, уже потому, что как-то нехорошо, сойдясь так, как мы сошлись, и заключивши брак по надобности, вдруг перешли бы в настоящий; я как будто бы эскамотировал (получил хитростью) бы себе жену, и это мне неприятно; во-вторых, Софа, по-моему, решительно не может быть матерью, это ее решительно zugrunde richten (погубит); она и сама боится этого ужасно. Это оторвет ее от занятий, сделает несчастною… В-третьих, я сам не могу взять на себя ответственность быть мужем и отцом, особенно с таким человеком, как Софа. Я буду дурным в обоих отношениях… Кроме того, занятия наши так разны; для нее не существует на свете никакой другой науки, кроме математики: все прочее ей ни на каплю не симпатично; а это такое обстоятельство, которое непременно разведет людей, как только каждый из них любит искренно свой предмет. Ей нужно общество математиков, я буду в нем лишний и смешон, не зная ее и не интересуясь ею…

Вообще я не думаю, — пророчески заключил он, — чтобы она была счастлива в жизни; в ее характере есть много такого, что не даст ей добиться счастья; разве попадет на удивительно хорошего человека и притом очень талантливого, а это такая редкость, что рассчитывать на нее трудно…»

Ненормальные отношения с фиктивной женой его тяготили. Он затосковал без семейного очага, каким обладал его брат Александр, имевший преданную, занятую только мужем и детьми Татьяну Кирилловну. Наблюдая в Лондоне семейную жизнь, тот «happy home» (счастливый дом), который так хорошо устраивают англичанки, Владимир Онуфриевич писал брату, что лучше не думать об этом, по крайней мере до тех пор, пока какими-нибудь законными мерами они не будут оба свободны. Он даже предпринял кое-что для этого: советовался с Анной Васильевной и даже намекнул Софье Васильевне о своем желании дать ей развод, приняв на себя вину, хотя по церковным законам это лишало его права на новый брак.

«Сейчас получила ваше письмо, — отвечала она ему, — и не стану говорить вам, как оно огорчило меня, потому что оно ведь с этой целью написано. Только вы совершенно ошибаетесь, если думаете, что я имею какие-либо «приказания» или «распоряжения» дать вам; я думаю, что совершенно лишнее говорить вам, что мне никогда в голову не может прийти воспользоваться теми великодушными предложениями, на которые tacitement (молчаливо) намекаете в последних письмах, и что если я когда-нибудь верну себе мою свободу, о которой, впрочем, менее сокрушаюсь, чем вы думаете, то это будет моими собственными силами и притом главным образом с целью вернуть вам вашу».

Между тем над его головой сгущались черные тучи. Незадолго до поездки в Россию Ковалевский познакомился с диссертацией молодого доктора Одесского университета И. Ф. Синцова и нашел, что она «целиком переписана». Брат его Александр Онуфриевич, хорошо знавший синцовский нрав, просил Ковалевского не высказывать вслух свое мнение, так как экзаменоваться на магистра придется у Синцова, который, возможно, захочет свести счеты.

Но Владимир Онуфриевич в интересах науки не считал возможным скрывать свой взгляд на работу Синцова, которую «ничем другим, как вздором», назвать не мог. Слухи о таком отзыве Ковалевского дошли до Синцова и вызвали у него злобу, на какую способны только мелкие, завистливые душонки.

Синцов подлейшим образом отомстил Ковалевскому: оскорбительными придирками на экзамене он добился того, что удовлетворительно справившийся с испытаниями Владимир Онуфриевич вынужден был потребовать вторичной проверки. Синцов этого-то и добивался. Он подготовил заранее каверзные вопросы и провалил основателя эволюционной палеонтологии, признанного в Европе, именно по этому предмету — специальности Ковалевского. Такой прием ошеломил Владимира Онуфриевича.

Ученый снова отправился за границу, попросил Зюсса в Вене и К. Циттеля в Мюнхене, как известных профессоров, принять от него экзамены по палеонтологии и геологии. И тот и другой подвергли Ковалевского добросовестному опросу и выдали ему свидетельства. Зюсс писал, что Ковалевский выказал такие превосходные познания, приобрел своими трудами такую хорошую репутацию, что профессор считает молодого собрата по науке «полностью и в высшей степени способным занять профессуру по этим отраслям в высшей школе». А Циттель, много общавшийся с Ковалевским в сфере научных занятий, «убедился в том, что доктор Ковалевский не только обладает основательными познаниями в обеих названных дисциплинах, но и в выдающейся степени способен к научным исследованиям».

Приложив эти отзывы, Владимир Онуфриевич напечатал разоблачительную «Заметку о моем магистерском экзамене». Но даже его русские ученые друзья не встали на защиту оскорбленного Ковалевского: они были очень далеки от палеонтологии и не могли оценить выдающихся открытий исследователя. А враги продолжали порочить его, доказывая экзаменационными листками… «безграмотность» претендента на магистерскую степень.

…Ничего не подозревая о мытарствах Ковалевского, Софья Васильевна проводила отпуск в Палибине. Родители деликатно предоставили ей свободу и уединение, ни о чем не расспрашивая.

Как в дни юности, бродила она по разросшемуся парку и бору, дышала густым ароматом хвои, нагретых трав, цветов, слушала милые, полузабытые голоса невидимых лесных птиц, таинственные шорохи и шелест в вершинах деревьев. Уходили тревоги. Родная земля словно переливала в ее измученное тело свои силы.

В этот приезд Софья Васильевна заметила, что ее брат Федя, красивый избалованный юноша, очень похожий на нее лицом и голосом, проявляет незаурядный математический талант. Она охотно занималась с ним и уговорила его поступить на физико-математический факультет.